Sega har bekräftat att det inte kommer att bli några fler Alpha Protocol-spel, anledningen till detta är enkel. Alpha Protocol har helt enkelt inte nått de försäljningsmål som Sega har satt upp och därmed är det kört för Obsidian att få bygga vidare på sitt äventyr.
Alpha Protocol har fått en hel del kritik över den något bristfälliga spelkontrollen och det faktum att actiondelen är medelmåttig. Dock har det fått gott om beröm för smyg-elementen och den dynamiska handlingen samt dialogsystemet.