Den 12 november 2004 får vi återse Link i ett helt nytt äventyr, The Legend of Zelda: The Minish Cap, till Game Boy Advance. Som om inte detta vore nog så bra släpper Nintendo även ett unikt Zelda Limited Edition Pak som innehåller The Legend of Zelda: The Minish Cap och en guldfärgad Game Boy Advance SP märkt med den välkända Triforce-symbolen. Detta gyllene paket släpps också den 12 november.
I Legend of Zelda: The Minish Cap är det den onde trollkarlen Vaati som hotar Hyrule. Enda sättet att befria världen från Vaati är att hitta delarna till ett antikt och mystiskt svärd som har kraft nog att spärra in Vaati ännu en gång. De enda som har kunskapen att sammanfoga det uråldriga svärdet är Minish-folket, ett folk så litet att de lever i en miniatyr-värld som inte kan ses av Link under normala omständigheter.
Link hittar dock en magisk hatt, kallad "The Minish Cap", som har förmågan att krympa ner Link så han kan prata med Minish-folket samt undersöka deras värld. Genom att ändra sin storlek har Link tillgång till två helt olika världar i detta spel, dels Hyrule och dels Minish-världen.
Utöver den magiska hatten finns mängder av nya föremål att hitta i spelet. Link stöter även på så kallade "Kinstones", stenar som kan sammanfogas med varandra. När ett visst antal "Kinstones" sammanfogats kan mystiska och oväntade saker hända...