Enligt en uppdatering på Prototypes officiella Facebook-sida har PC-versionen av Prototype 2 försenats med tre månader. Spelet var tänkt att släppas till PC, Playstation 3 och Xbox 360 den 27 april, men nu måste alltså PC-användare som vill göra Manhattan osäkert med Marcus Heller vänta till den 24 juli. Ingen anledning till förseningen gavs, men det är inget nytt fenomen att försena PC-versionerna av högbudgetspel för att förhindra piratkopiering och kunna fokusera på konsolversionerna.
En specialutgåva av spelet har även utannonserats, kallad RADNET Edition. RADNET är Prototype 2:s tjänst för nedladdningsbart material, och efter spelets release kommer hela 55 små nedladdningar att göras tillgängliga helt gratis under en period av sju veckor.