Precis som i Fire Emblem Awakening kommer det går att gifta sig i Fire Emblem Fates. Det finns dock en skillnad som efterfrågats på många håll, nämligen möjligheten att välja partner oberoende av kön.
Spelet släpps i två versioner, i den som heter Conquest finns finns möjlighet för två män att gifta sig, och i den som heter Birthright kan två kvinnor göra detsamma. Såhär säger Nintendo i ett uttalande till Polygon:
"We believe that our gameplay experiences should reflect the diversity of the communities in which we operate and, at the same time, we will always design the game specifications of each title by considering a variety of factors, such as the game's scenario and the nature of the game play."
