I titeln Jimmy Neutron Jet Fusion får vi träffa det unge geniet Jimmy Neutron från TV-serien. Rösterna i spelet görs av desamma som i TV-serien.
Spelet sträcker sig över fem världar med sammanlagt sexton banor att utforska. Spelet går ut på att besegra Dr. Calamitus i hans onda försök att ta över världen samt rädda stjärnan Jet Fusion, som har blivit kidnappad. Till sin hjälp har Jimmy allehanda egenkonstruerade spionverktyg som Gust Buster Fan och Neutron Duplicator.