I slutet av Edo-eran, under 1800-talet i den japanska staden Amahara, utspelas detta spel. Gänget Aoto har efter bland annat deras ledares död börjat tyrannisera befolkningen, men allt ändras en dag när en ensam samuraj kommer till staden.
Spelaren får leda denne samuraj under tio dagar,och beroende av sina handlingar - om man väljer att hjälpa folket eller Aoto-gänget - kan storyn ta fyra olika vägar. Way of the Samurai 2 utvecklas av Capcom och är planerat att släppas till Playstation 2 i mars nästa år.